Os microrganismos contaminantes são considerados um dos principais e mais severos problemas para a micropropagação de plantas. O objetivo deste trabalho foi identificar os principais fungos contaminantes encontrados na micropropagação de plantas, bem como, avaliar o efeito de óleos essenciais de plantas do gênero Lippia no controle desses microrganismos. Os contaminantes freqüentemente encontrados no Laboratório de Cultura de Tecido e Genético Vegetal da Embrapa Agroindústria Tropical foram Aspergillus niger Van Tieghem, Penicillium sp, Fusarium sp, e Fusarium oxysporum Schlecht f. sp Cubenses (E.f Snith) Snyd e Hans. Avaliou-se o controle do crescimento micelial desses contaminantes utilizando-se óleos essenciais de Lippia sidoides Cham. (alecrim pimenta) e de Lippia gracilis Schauer (alecrim da chapada) comparando-se com o fungicida Carbendazin. O óleo de L. sidoides e o Carbendazin mostraram-se eficientes na inibição do crescimento micelial de todos os fungos avaliados nas concentrações de 3 x 10-1 μL mL-1 e 3 x 10-2 μL mL-1, respectivamente. O óleo de L. gracilis controlou apenas os fungos Aspergillus niger e Penicillium sp na concentração de 126 μL mL-1. Os resultados mostraram possibilidade de utilização de óleos essenciais de Lippia como controle alternativo de contaminantes encontrados em Laboratório de Cultura de Tecido de Plantas.